Au XIIIème siècle, à l’emplacement de l’Institution de la Sainte Union se trouvait un refuge de l’Abbaye Saint Vaast d’Arras. En 1670 et en 1676, Louis XIV y aurait logé.
En 1677, les moines cédèrent leur établissement à la ville. Celle-ci y créa l’Hôtel du Gouvernement (d’où le nom de la Rue) et installa le Gouverneur de Douai.
Pendant le siège de 1710, un boulet de canon incendia l’hôtel qui fut ensuite vendu par lots. Des habitations furent construites. L’une d’elles devint, après la révolution de 1789, une école pour garçons.
En 1819, les Religieuses de l’Abbaye de Flines créèrent une école. La communauté s’installa dans un vaste immeuble situé rue du Gouvernement (ancienne Rique rue), rue du Béguinage et rue des Blancs Mouchons.
Peu à peu, l’Institution s’agrandit suite à l’acquisition de la maison voisine et de la Chapelle des Pères Rédemptoristes datant de 1854. En 1860 s’ouvrit un pensionnat pour filles.
En 1866, la façade actuelle fut construite. Le Pensionnat était alors prospère.
Pendant la guerre de 1870, les cours furent suspendus. Le pensionnat accueillit les soldats leur offrant le couvert et soignant les blessés.
En 1904, la loi du 7 juillet supprima l’enseignement congréganiste. Les Dames de Flines furent contraintes de partir.
Les Ecoles des Dames de la Sainte Union (Congrégation fondée en 1826) furent également touchées par cette mesure.
Après le départ des religieuses, Mademoiselle Rolez prit la direction de l’externat de la Rue Lambrecht qu’elle transporta rue du Gouvernement. C’est à cette époque que l’établissement prit le nom de « Sainte Clotilde » suite à la suggestion de l’abbé Malengé, dont la famille vouait une grande dévotion à cette sainte.
En 1914-1918, l’Etablissement Sainte Clotilde fut réquisitionné pour abriter un hôpital de la Croix Rouge qui accueillit pendant dix mois 400 blessés.
En 1919, les Dames de Flines revinrent et ouvrirent à nouveau leur pensionnat. En 1926, à la demande de Monseigneur Chollet, Archevêque de Cambrai, le pensionnat fut confié aux Dames de la Sainte Union. Celles-ci restaurèrent l’Institution et accueillirent des Jeunes de la classe enfantine, du primaire et du secondaire.
Pendant la guerre de 1939-1945, après la destruction partielle de l’école Saint Jean et la mobilisation de ses professeurs, des cours mixtes furent dispensés à l’Institution Sainte Clotilde.
Pendant les alertes, les caves servirent d’abri et les locaux furent à nouveau réquisitionnés pour accueillir les blessés.
En 1960, les écoles libres passèrent contrat avec l’Etat. Les effectifs augmentèrent.
En 1968, l’établissement étant trop exigu, les classes primaires s’installèrent avenue de Twickenham. Entre 1974 et 1976, des fusions eurent lieu : le second cycle partit à Saint Jean et le premier cycle de Saint Joseph arriva à Sainte Clotilde. En 1978, la direction passa pour la première fois aux mains d’un laïc : Monsieur Boulanger. Le Collège fit l’acquisition d’un bâtiment en face, au 115 de la même
En 1987, M. Boulanger fut appelé à Saint Amand Les Eaux. C’est M. Loridan qui le remplaça pendant 10 ans.
En 1997, M. Berland devint Directeur. Comme ses deux prédécesseurs, il travailla en étroite collaboration avec la tutelle de la Sainte Union.
Mme Devaux fut nommée Directrice en 2002 et M. Hubert la remplaça en 2009.
A la rentrée 2014, les Ecoles Saint Joseph et Notre Dame et le Collège Sainte Clotilde fusionnèrent Les enfants de maternelles et de CP de l’Ecole Saint Joseph rejoignirent les classes élémentaires déjà installées rue du Gouvernement et quelques classes du Collège furent déplacées sur le site de l’ancienne école Notre Dame, avenue de Twickenham. D’importants travaux de réhabilitation permirent l’ouverture du bâtiment administration au 71 Rue du Béguinage.
L’Etablissement prit alors le nom d’Institut de la Sainte Union.
Après neuf années passées à la Direction de l’établissement, M. Hubert a souhaité prendre de nouvelles responsabilités et le poste a été confié à M. Martin à la rentrée 2018 puis à M. Bourel à la rentrée 2021.
